Haus Baaken hat im Laufe seiner über 400 jährigen Geschichte viele Umbauphasen durchlaufen. Leider wurde gerade bei den Sanierungs- und Umbaumaßnahmen der Innenräume im 20. Jhdt. nicht immer der Denkmalschutz in den Vordergrund gestellt. So wurden ursprüngliche Raumaufteilungen unwiderruflich verändert, so dass eine genaue Rekonstruktion der Balkenkonstruktion, so z.B. im heutigen Kaminzimmer, welches ursprünglich zweigeschossig war, nicht mehr möglich ist.

Grundsanierung 1986 / 1987                                           Einbau Dachgauben 2006

Im Jahre 1987 erfolgte durch Dr. Cristoph Dautermann eine Bauuntersuchung bei welcher festgestellt wurde, dass Haus Baaken wesentlich älter ist als bis dahin angenommen worden war. Der Originaltext des Untersuchungsberichtes findet sich nach Bauphasen gegliedert in den Unterverzeichnissen Umbau 1900,  Umbau 1750, Umbau 1611 und Erbauung um 1550. Es wurden zur Veranschaulichung einige Fotos hinzugefügt

Das dendrochronologische Gutachten der Eichenholzbalken des Fachwerkbaus wurden seinerzeit von dem Planungsbüro Tisje aus Neu-Isenburg erstellt.

Bei den Sanierungsmaßnahmen in den Jahren 2006 / 2007 konnten verschiedene Eingriffe aus der letzten Sanierung wieder zurückgebaut werden. Unter anderem wurde verputztes Fachwerk wieder frei gelegt und Betontreppen gegen Treppen aus Eichenholz ausgetauscht. Diese Veränderungen erfolgten in enger Abstimmung mit dem Baudenkmalamt der Stadt Kempen.